Seit 1600 leben Kapuziner in München. Die Säkularisation beendete 1802 den Aufenthalt.

1826 wurde der Orden nach der Säkularisation von Ludwig I. in Bayern wieder zugelassen. 1846/47 siedelte er sich mit einem Hospiz bei der "Schmerzhaften Kapelle an.
1854 wurde der erweiterte Bau in den Rang eines Guardianates erhoben.
1893-95 entstand als Pfarr- und Klosterkirche die neuromanische Basilika St. Anton.

Von 2006 bis 2009 wurde das zu groß gewordene alte Kloster aufwändig umgebaut. Die Anlage beherbergt seitdem drei Nutzer: die Kapuziner, die Pfarrei St. Anton und das Institut zur Förderung publizistischen Nachwuchses (ifp), die katholische Journalistenschule der Deutschen Bischofskonferenz.